Khi đề nghị mức án với từng bị cáo, cơ quan công tố đã đưa ra các phân tích về tình tiết tăng nặng liên quan đến hành vi phạm tội đưa và nhận hối lộ được thực hiện nhiều lần.
Đồng thời, viện kiểm sát cũng xem xét các tình tiết giảm nhẹ như nộp lại toàn bộ số tiền nhận hối lộ, nhận "cảm ơn" từ Việt Á và sự ăn năn hối lỗi thành khẩn khai báo cùng thành tích trong công tác của các bị cáo.
Hành vi sai phạm trên của ông Chu Ngọc Anh, Phạm Công Tạc với vai trò đồng phạm đã "xâm phạm vào hoạt động đúng đắn của cơ quan quản lý nhà nước" và "gây ảnh hưởng xấu đến dư luận, làm suy giảm niềm tin trong nhân dân, đặc biệt là trong lĩnh vực khoa học và công nghệ", viện kiểm sát nêu quan điểm luận tội.
Tuy nhiên, theo cơ quan công tố, quá trình điều tra và tại phiên tòa, cả hai ông đã "thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội, ăn năn hối cải". Cả hai được đánh giá tích cực hợp tác với cơ quan điều tra làm rõ bản chất vụ án.
Ông Chu Ngọc Anh được ghi nhận đã tác động gia đình nộp 4 tỉ đồng khắc phục hậu quả. Gia đình ông có công với cách mạng, bị cáo được tặng thưởng nhiều bằng khen, giấy khen.
Bộ Khoa học và Công nghệ, UBND TP Hà Nội đã có đơn đề nghị giảm nhẹ hình phạt cho cựu bộ trưởng.
Gia đình ông Tạc đã nộp 80 triệu đồng để khắc phục hậu quả, bị cáo có nhiều thành tích trong công tác.
Từ các lẽ trên, viện kiểm sát đề nghị hội đồng xét xử xem xét giảm nhẹ hình phạt khi lượng hình và đề nghị tòa tuyên cả hai ông mức án 3-4 năm tù.
Trong vụ án này, có 6 người bị đưa ra xét xử tội nhận hối lộ, truy tố theo khoản 4, điều 354 Bộ luật Hình sự, khung hình phạt từ 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình. Trong đó, người ít nhất nhận 100.000 USD, người nhiều nhất nhận 2,32 triệu USD.
Ngoài cựu bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long nhận hối lộ số tiền nhiều nhất, bị đề nghị mức án 19-20 năm tù (vẫn nằm trong khung truy tố) thì những người còn lại đều được đề nghị mức án dưới khung truy tố.
Viện kiểm sát ghi nhận ông Long thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, tác động gia đình nộp lại toàn bộ số tiền nhận hối lộ.
Cựu bộ trưởng được đánh giá "hợp tác tốt với cơ quan điều tra để làm rõ bản chất vụ án", quá trình công tác được tặng thưởng nhiều bằng khen.
Người nhận hối lộ nhiều thứ hai là cựu giám đốc CDC tỉnh Hải Dương Phạm Duy Tuyến, tổng số tiền bị cáo buộc là 27 tỉ. Ông Tuyến còn bị cáo buộc gây thiệt hại 73,8 tỉ đồng.
Số tiền nhận hối lộ ông Tuyến đã sử dụng cá nhân 16,1 tỉ, còn lại "chia" cho cựu bí thư tỉnh, cựu giám đốc Sở Y tế và nhiều cán bộ tại CDC Hải Dương. Viện kiểm sát đánh giá ông có tình tiết tăng nặng là phạm tội có tổ chức và phạm tội 2 lần trở lên.
Tuy nhiên viện kiểm sát ghi nhận ông Tuyến đã ăn năn hối cải khai nhận toàn bộ hành vi phạm tội, tác động gia đình nộp 12,3 tỉ khắc phục hậu quả.
Gia đình ông có công với cách mạng, bản thân cựu giám đốc CDC có nhiều thành tích trong công tác, được tặng thưởng nhiều bằng khen, giấy khen…
Viện kiểm sát đề nghị tòa xem xét giảm nhẹ khi lượng hình và đề nghị tuyên ông Tuyến mức án 13-14 năm tù.
Cựu vụ phó Trịnh Thanh Hùng (Bộ Khoa học và Công nghệ) bị viện kiểm sát cáo buộc đã thỏa thuận và nhận tiền, cấu kết với Phan Quốc Việt cùng các bị cáo khác thực hiện chuỗi hành vi sai phạm giúp Việt Á tham gia nghiên cứu và "chiếm đoạt" sản phẩm của đề tài thuộc sở hữu nhà nước.
Sai phạm của ông Hùng bị cơ quan công tố đánh giá là "khởi đầu của chuỗi sai phạm kéo dài, xuyên suốt, tích cực" trong việc thực hiện các hành vi sai phạm của tổng giám đốc Việt Á và các bị cáo khác gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng tài sản nhà nước.
Cựu vụ phó đã hai lần nhận tổng số tiền 350.000 USD từ Phan Quốc Việt.
Cựu vụ phó cũng được ghi nhận thành khẩn khai báo, có nhiều thành tích trong công tác, đã tác động gia đình nộp 8 tỉ và 8 sổ tiết kiệm gần 4 tỉ. Ông Hùng bị đề nghị mức án 14-15 năm tù.
Hai cựu vụ trưởng Nguyễn Nam Liên, Nguyễn Minh Tuấn (thuộc Bộ Y tế) nhận hối lộ số tiền lần lượt 100.000 USD và 300.000 USD. Cả hai đã nộp lại toàn bộ số tiền này, được ghi nhận nhiều tình tiết giảm nhẹ và cùng bị đề nghị mức án 8-9 năm tù.
Ông Nguyễn Huỳnh (cựu thư ký cựu bộ trưởng Nguyễn Thanh Long) bị cáo buộc 2 lần nhận hối lộ 4 tỉ và giúp ông Long nhận 2 triệu USD từ tổng giám đốc Việt Á.
Ông Huỳnh đã nộp lại toàn bộ số tiền nhận hối lộ, cũng được xem xét nhiều tình tiết giảm nhẹ và bị đề nghị mức án 9-10 năm tù.